Kay (Ajan K) sivil hayata dönerken, Jay (Ajan J) dünyadaki uzaylı yaratıklarla ilgili konuları kontrol eden, gayri resmi devlet kuruluşu “Men in Black (MIB) – Siyah Giyen Adamlar” için çalışmaya devam etmiştir. Jay sıradan görünen bir suçu araştırırken, kendisini seksi bir iç çamaşırı modeli olarak tanıtan, aslında kötü bir Kylothian canavarı olan Serleena’nın planladığı şeytani bir komployu ortaya çıkarır. Diğer taraftan Kay, MIB için çalıştığı günlerle ilgili hiçbir şey hatırlamamaktadır. Ancak galaksiyi yaratıklara karşı savunma konusunda da yaşayan en uzman kişidir.Kay’i tekrar MIB için çalışmaya ikna etmek ve galaksiyi mutlak bir yok oluştan kurtarmak için Jay’in zamana karşı yarışması gerekmektedir.