Penguen pilotlar Flip ve Zooey uzayda daha önce hiçbir canlının gitmediği yerleri keşfetmeye gidiyorlar. Görevleri barış içinde yaşanacak yeni galaksiler keşfetmek ve yeni canlılarla dostluk kurmaktır. Uzay gemisinin tecrübeli kaptanı Stella yemek molası için uzay sandviçleri istasyonuna iniş yapar. Yemek sonrası yolculuklarına devam ettikleri sırada penguenlerin mideleri bozulur ve sandviçlerine bir şeyler karıştırılıp saldırıya uğradıkları anlaşılır. Penguenleri bu maceralı uzay keşfinden vazgeçirtmek isteyen gizli düşmanları kimdir?

Penguenler takımı gizemli düşmanlarının kim olduğu çözmek zorundadır. Yoksa uzun yolculuk boyunca daha çok sorunla karşılaşabilirler. Bu sebeple, Penguenler takımı güçlerini eski dostları uzay muhafızları takımıyla birleştirip daha güçlü bir şekilde yola devam ederler. Muhteşem ve rengarenk yıldız sistemlerinden geçip yeni dostlar edinirler ve uğradıkları her gezegende düşmanlarının izini sürerler. Bakalım Penguenler takımı maceralı uzay yolculuğunda peşlerine düşen gizemli düşmanlarını bulabilecekler mi?